Giai đoạn 2004 – 2008

Ngày 12 tháng 6 năm 2004, Tòa Thánh loan báo giáo hoàng Gioan Phaolô II bổ nhiệm linh mục Giuse Nguyễn Chí Linh làm giám mục chính tòa Giáo phận Thanh Hóa.[13][18] Lễ tấn phong cho vị giám mục tân cử được cử hành sau đó vào ngày 4 tháng 8 cùng năm tại nhà thờ chính tòa Thanh Hóa. Phần nghi thức truyền chức giám mục cử hành bởi chủ phong Phaolô Nguyễn Văn Hòa, giám mục chính tòa Giáo phận Nha Trang, Chủ tịch Hội đồng Giám mục Việt Nam và hai vị phụ phong là Giuse Ngô Quang Kiệt ấu giám mục chính tòa Giáo phận Lạng Sơn và Cao Bằng kiêm Giám quản Tông tòa Tổng giáo phận Hà Nội và Phaolô Maria Cao Đình Thuyên, giám mục chính tòa Giáo phận Vinh.[19] Nguyễn Chí Linh chọn khẩu hiệu Giám mục của mình là: "Xin cho họ nên một". Trong cùng năm, Hội đồng Giám mục Việt Nam họp, quyết định chọn tân giám mục Giuse Linh làm Chủ tịch Uỷ ban Giáo dân trực thuộc Hội đồng Giám mục Việt Nam.[20]

Nhắc nhớ về những ngày tháng đầu tiên trên cương vị giám mục, giám mục Linh tự nhận rằng mình rất lúng túng. Ông cho rằng về địa lý thì đây là quê hương ông, nhưng lại không quen biết ai và lúng túng về công việc khi đón nhận nhiệm vụ mới chưa từng có kinh nghiệm.[21]

Giám mục Nguyễn Chí Linh giữ vai trò dẫn đầu đoàn Công giáo Việt Nam tham gia Đại hội Giới Trẻ Công giáo Thế giới lần thứ 20 tổ chức tại Đức vào tháng 8 năm 2005.[22] Phái đoàn đến từ Việt Nam gồm 16 linh mục, 2 nữ tu, một chủng sinh và nhiều giáo dân. Đoàn giới trẻ Việt Nam dự tính tổ chức trình diễn văn hóa Tây Nguyên nhưng gặp một số khó khăn nên bị hủy. Đoàn cũng tham gia cộng tác với một số cộng đoàn Việt Nam hải ngoại. Khi được hỏi liệu sẽ được tiếp kiến Giáo hoàng Biển Đức, giám mục Linh cho rằng đã gửi lời nhờ giới chức Đức sắp xếp cuộc gặp, tuy vậy cũng không mong đợi gì nhiều vì giáo hoàng không thể đáp ứng hết các yêu cầu từ các đoàn.[23]

Tháng 9 năm 2006, vị giám mục Thanh Hóa tham gia đại hội Giới trẻ Công giáo miền Bắc, trong phần hỏi đáp, khi được hỏi về vấn đề tự do tôn giáo ở Việt Nam, ông đưa ra nhận định rằng theo lập trường của Giáo hội Công giáo, tự do tôn giáo thuộc về bản chất của con người, từ khi sinh ra, con người đã có quyền tự do đó. Tại Việt Nam, vấn đề này khó thực hiện vì xung đột giữa giáo hội và chính quyền, ý thức hệ và những khúc mắc trong lịch sử. Được hỏi tiếp về vấn đề người Công giáo có được gia nhập Đảng Cộng sản Việt Nam, ông trả lời rằng đó là quyền của cá nhân và giáo hội mong mỗi người tự xem xét về ảnh hưởng đến đức tin khi gia nhập.[24]

Thủ tướng Việt Nam Nguyễn Tấn Dũng có cuộc gặp Giáo hoàng Biển Đức XVI vào tháng 1 năm 2007. Nhận định về cuộc gặp này, giám mục Linh có nhận định rằng ông mong rằng đây là bước tiến triển bang giao giữa Tòa Thánh và Việt Nam.[25] Cũng trong khoảng thời gian này, khi được phỏng vấn về tình hình tôn giáo tại Việt Nam, giám mục Linh cho rằng mình không đủ thẩm quyền để trả lời chính thức cho các lãnh đạo giáo hội Việt Nam, còn theo quan điểm của ông thì việc này cần có thời gian. Dù cả phía công giáo và nhà nước đều mong muốn thay đổi tình hình tôn giáo, nhưng việc thực hiện các chủ trương cần có thời gian đi vào thực tế.[26]

Từ năm 2007 đến tháng 9 năm 2009, giám mục Nguyễn Chí Linh kiêm nhiệm làm Giám mục giám quản Tông Tòa Giáo phận Phát Diệm sau khi Giám mục Giuse Nguyễn Văn Yến về hưu.[12] Nhận phỏng vấn trong dịp giáo phận Thanh Hóa kỷ niệm 75 năm thành lập, nhắc đến thông tin về những ưu tiên trong các công tác mục vụ, ông cho biết đó là vấn đề đào tạo nhân sự: linh mục, tu sĩ và giáo dân. Khó khăn của giáo phận Thanh Hóa là thiếu nhân sự và tài chính. Giám mục Linh khuyến khích hợp nhất, hỗ trợ người khó khăn như cấp học bổng cho học sinh nghèo thăm viếng người khó khăn, bệnh nhân phong và hỗ trợ dựng nhà gạch thay nhà tranh vách lá cho dân nghèo. Ngoài ra, ông còn xây dựng mô hình nhóm cộng tác đa thành phần giáo dân, không phân biệt phẩm cấp: linh mục, giám mục cùng rửa bát cùng nhau. Nói về các hoạt động ông đã triển khai hướng đến những người khó khăn, Nguyễn Chí Linh cho biết về giáo dục là cấp học bổng, về y tế là một ít phòng phát thuốc và việc trông đợi thành lập hội y bác sĩ Công giáo khám chữa bệnh, cả hai vấn đề về y tế này đều trong tinh thần miễn phí. Ngoài ra còn có dự án hỗ trợ vốn cho thành phần phụ nữ nghèo kiếm thu nhập và một vài kế hoạch phát triển nông nghiệp như làm trạm bơm, làm đường bê tông ở các làng quê. Ông cũng cho biết thêm rằng không thể triển khai thêm các hoạt động khác vì vấn đề tài chính.[21]

Trên cương vị giám mục Thanh Hóa, ông viết một bức thư kêu gọi hỗ trợ bị ảnh hưởng bão lũ, vốn làm ảnh hưởng rất nghiêm trọng đến người dân trên địa bàn giáo phận Thanh Hóa với những ngôn từ mạnh mẽ và đầy xúc động, cũng như công bố số tài khoản đứng tên ông nhằm việc nhận hỗ trợ từ các mạnh thường quân vào tháng 10 năm 2007.[27] Trước khi khai mạc kỳ Họp Hội đồng Giám mục trong cùng tháng, Nguyễn Chí Linh nhận trả lời phỏng vấn báo RFA xung quanh vấn đề này. Khi được hỏi về những điểm mới trong Thư chung kỳ họp Hội đồng giám mục lần này, giám mục Linh cho rằng bản thảo Thư chung phải được duyệt đi xét lại nhiều lần, nên ông trả lời với cung cách dè dặt. Bàn luận về vấn đề những việc giáo dân cần phải quan tâm để hoàn thành vai trò người giáo dân trong xã hội, ông cho rằng đó là các vấn đề bùng nổ thông tin và vấn đề di cư. Ngoài ra, tệ nạn xã hội cũng là một vấn đề đáng quan tâm. Trả lời câu hỏi về vấn đề khó khăn nhất của thanh niên thuộc giáo phận Thanh Hoá, ông cho rằng đó là vấn đề việc làm. Do thiếu việc làm hoặc thu nhập thấp, bấp bênh nên họ đa số đi về miền Nam. Một khó khăn nữa là vấn đề thiên tai xảy ra hàng năm. Giám mục Linh chia sẻ ông bất lực nhìn thanh niên giáo phận ra đi, do đó quyết định đồng hành cùng họ bằng việc tổ chức đại hội đồng hương tại phía Nam nhằm mục đích động viên, an ủi và kêu gọi giáo dân sống với tinh thần Công giáo. Về vấn đề giới tu sĩ Việt Nam có nên tham gia môi trường chính trị, Nguyễn Chí Linh cho biết đây là một vấn đề tế nhị, nếu hiểu chính trị theo kiểu tư cách công dân thì ông cho rằng giáo dân Công giáo cần có nghĩa vụ công dân với dân tộc và đất nước, còn nếu là tham gia các tổ chức xã hội chính quyền thì không nên vì gặp vấn đề tế nhị và khó xử.[28] Cùng trong năm 2007, các giám mục Việt Nam nhất trí chọn giám mục Giuse Nguyễn Chí Linh làm Phó Chủ tịch Hội đồng Giám mục Việt Nam,[7] ông tái đắc cử và đảm nhiệm vai trò này trong lần bầu chọn vào tháng 10 năm 2010.[29]

Giám mục Nguyễn Chí Linh cử phái đoàn các linh mục, tu sĩ, giáo dân đến thăm và mừng Tết với Trại phong Thanh Hóa tháng 1 năm 2008. Trong chuyến thăm này, họ tặng quà và cùng sinh hoạt với các bệnh nhân phong tại đây. Giám mục Linh vì bận đột xuất nên không thể tham gia như dự kiến.[30] Hội Thầy thuốc Samaritano được giám mục Linh cho thành lập ngày 7 tháng 5 năm 2008 với mục đích hỗ trợ bệnh nhân, người khuyết tật và người đau khổ trong giáo phận.[31]

Ngày 9 tháng 6 năm 2008, giám mục Linh cùng một số giám mục đón đoàn Tòa Thánh đến thăm chính thức Việt Nam.[32] Trong khuôn khổ chuyến viếng thăm, ông trả lời một số câu hỏi xung quanh sự kiện này. Trả lời câu hỏi về vấn đề trông đợi các vấn đề thảo luận giữa phái đoàn Tòa Thánh với chính quyền Việt Nam, giám mục Linh cho biết có hai vấn đề nổi bật là bổ nhiệm giám mục cho các giáo phận trống tòa và vấn đề tranh chấp đất đai Tòa Khâm sứ cũng như trong hầu hết các giáo phận tại Việt Nam. Ông cho rằng theo ý kiến riêng, cách tháo gỡ các khúc mắc dần dần sẽ tốt hơn cho quan hệ của hai bên. Trả lời câu hỏi về vấn đề thiết lập quan hệ Tòa Thánh và Vatican, vị giám mục Thanh Hóa cho biết chỉ có các nhóm đang cộng tác và thiết lập lộ trình này. Chia sẻ về đóng góp xã hội của giáo hội Công giáo Việt Nam đối với xã hội, Nguyễn Chí Linh cho rằng việc này đang khá hạn chế: về giáo dục chỉ được mở trường mẫu giáo, về y tế chỉ được mở phòng phát thuốc, ông cũng nhận định vấn đề này cần thương thảo và mong rằng chính quyền sẽ có cái nhìn thoải mái hơn.[33]

Tháng 9 năm 2008, trong vụ việc tranh chấp Giáo xứ Thái Hà ở Hà Nội, Nguyễn Chí Linh đến nhà thờ này để cử hành lễ cầu nguyện cho công lý và hòa bình.[34][35] Trước những căng thẳng về tranh chấp, cùng trong tháng này, vị giám mục Thanh Hóa đã viết thư hiệp thông, bày tỏ sự sẻ chia với tổng giáo phận Hà Nội, lòng ngưỡng mộ lòng can đảm của Tổng giám mục Giuse Ngô Quang Kiệt và tuyên bố ủng hộ cầu nguyện ôn hòa, bất bạo động.[36]

Giám mục Nguyễn Chí Linh được Hội đồng Giám mục Việt Nam bầu chọn làm nghị phụ đại diện tham gia Thượng Hội đồng Giám mục Thế giới về Linh mục tổ chức cuối tháng 10 năm 2008. Ngoài ông, giám mục phó Giáo phận Nha Trang Giuse Võ Đức Minh cũng được cử làm nghị phụ tham dự sự kiện này.[37] Ngoài hai giám mục, thành phần tham gia đến từ Việt Nam còn có linh mục Vinh Sơn Nguyễn Văn Bản tham dự với tư cách chuyên gia, trợ tá đặc biệt của Tổng giám mục Monsengwo Pasinya.[38] Trong khuôn khổ sự kiện, ngày 14 tháng 10, Nguyễn Chí Linh trình bày bài tham luận với nội dung là lời Chúa trong lịch sử Giáo hội Việt Nam.[39]

Sau những hoạt động cứu trợ thiên tai năm 2006 tại Giáo phận Đà Nẵng và năm 2007 tại Giáo phận Vinh, cuối tháng 11 năm 2008, Nguyễn Chí Linh phát động, kêu gọi ủng hộ cứu trợ và có chuyến thăm cứu trợ cho các nạn nhân lũ lụt tại Tổng giáo phận Hà Nội.[40] Đầu tháng 12, ông tham gia vào phái đoàn Hội đồng giám mục Việt Nam, hỗ trợ lũ lụt trên địa bàn giáo phận Vinh và giáo phận Thanh Hóa.[41]

Giai đoạn 2009 - 2016

Trong dịp tĩnh tâm cuối năm 2008, giám mục Linh kêu gọi các linh mục đến với những hoàn cảnh khó khăn và có những hỗ trợ cho họ, ông cho rằng lễ Giáng sinh gắn liền với đức tính bác ái của người Công giáo. Thực hiện lời kêu gọi này, tháng 1 năm 2009 những hoạt động chia sẻ với những người khó khăn lan rộng trên địa bàn giáo phận. Riêng giám mục Linh đã quyết định đến thăm và tặng quà cho các gia đình sinh sống trên thuyền ở ven thành phố Thanh Hóa. Sau đó, ông tiếp tục đến thăm vào trao quà tại các địa điểm khác như trại khuyết tật tại Gia Hà và trại tâm thần Quảng Xương. Ông cũng bày tỏ mong muốn có thể xây dựng nơi để chăm sóc người khuyết tật trong giáo phận khi điều kiện cho phép.[42]

Giám mục Nguyễn Chí Linh cùng đoàn các giám mục Việt Nam đi hành hương Ad Limina, triều yết Giáo hoàng Biển Đức XVI. Trong cơ cấu ban tổ chức, giám mục Linh đảm trách công việc ngoại vụ. Chuyến hành hương kéo dài từ ngày 20 tháng 6 đến ngày 4 tháng 7 năm 2009.[43] Nửa tháng sau đó, này 20 tháng 7, Nguyễn Chí Linh trả lời phỏng vấn của Báo Église d’Asie nhân dịp có công tác tại Paris. Khi được hỏi về vấn đề đào tạo linh mục cho giáo phận Thanh Hóa, ông cho biết chủng viện đã bị đóng cửa trong hàng thập niên, thiếu giáo viên và chủng sinh gặp nhiều khó khăn. Về thiết lập các dòng tu, ông cho biết các dòng đều thiếu nhân sự và cơ sở. Nói đến vấn đề mục vụ giáo dân, vị giám mục Thanh Hóa cho biết mỗi hè ông đào tạo 1.000 - 1.500 giáo lý viên và chú ý đến ban mục vụ của các giáo xứ. Ngoài ra, ông cũng trả lời một số câu hỏi liên quan đến Năm Thánh 2010 của Giáo hội Công giáo Việt Nam.[44]

Ngày 26 tháng 7 năm 2009, Giám quản Giáo phận Phát Diệm Nguyễn Chí Linh viết thư gửi tín hữu giáo phận này. Trong thư, giám mục Linh loan báo thông tin Giáo hoàng đã bổ nhiệm linh mục Giuse Nguyễn Năng làm Giám mục chính tòa Giáo phận Phát Diệm vào ngày 25 tháng 7. Ngoài ra, ông cũng cho biết lịch trình đón tiếp và ngày giờ lễ tấn phong cũng như khẩu hiệu của Tân giám mục. Giám mục Linh cũng tuyên bố kết thúc vai trò giám quản trong thư này.[45] Ngày 27 tháng 7, phái đoàn giáo phận Phát Diệm do ông dẫn đầu đến chào thăm Tân giám mục Nguyễn Năng. Tại buổi gặp mặt, đoàn gửi tặng phẩm phục giám mục gồm nhẫn, gậy, đai, thánh giá đeo ngực cho giám mục Năng.[46]

Bão số 11 năm 2009 – bão Mirinae tàn phá nặng nề các tỉnh miền Trung thuộc ba giáo phận: Giáo phận Qui Nhơn, giáo phận Kon Tum và giáo phận Nha Trang, Chủ tịch Uỷ ban Caritas Việt Nam họp khẩn và quyết định gửi 500.000.000 đồng để giúp đỡ các nạn nhân trong thông báo ngày 7 tháng 11. Ngày 9 tháng 11, Nguyễn Chí Linh cùng một số giám mục khác đến thăm và an ủi các nạn nhân của bão lũ và gửi hỗ trợ đến họ với tinh thần không phân biệt tôn giáo. Ngoài khoản tiền từ Caritas Việt Nam, đoàn còn nhận nhiều khoản hỗ trợ tiền từ các giáo phận miền Bắc cũng như một số cá nhân hảo tâm.[47] Cuối tháng 12, Tòa giám mục Thanh Hóa đến thăm nhân dịp Giáng sinh tại trại phong Cẩm Thủy do ông dẫn đầu phái đoàn 100 người.[48]

Trong thư gửi giáo dân Giáo phận Thanh Hóa dịp Tết Nguyên Đán 2010, Nguyễn Chí Linh nhắc nhở giáo dân đề cao cảnh giác trước tệ nạn ma túy và khả năng lây nhiễm HIV.[49] Ngày 1 tháng 3 năm 2010, tại đền Đức Mẹ hằng Cứu giúp Thái Hà, ông chủ sự lễ kỷ niệm 80 năm Dòng Chúa Cứu Thế tại Hà Nội và bày tỏ để tỏ tâm tình hiệp thông của Giáo phận Thanh Hóa với giáo xứ Thái Hà trong những tranh chấp đất đai.[50]

Tháng 4 năm 2010, Ủy ban Đặc trách Giới trẻ Hội đồng Giám mục Việt Nam phát đi thông báo Ủy ban Nhân dân tỉnh Thanh Hóa không chấp thuận tổ chức Đại hội Giới trẻ Công giáo Việt Nam tại giáo xứ Ba Làng, giáo phận Thanh Hóa do có một số tranh chấp về đất đai. Trước đó, trong thư đề nghị cấp phép tổ chức, giám mục Nguyễn Chí Linh và giám mục Chủ tịch Ủy ban Đặc trách Giới trẻ Giuse Vũ Văn Thiên đã đồng ký tên.[51] Nhân dịp bổ nhiệm Tân Tổng giám mục Phó Tổng giáo phận Hà Nội Phêrô Nguyễn Văn Nhơn cuối tháng 4 năm 2010, Phó chủ tịch Hội đồng Giám mục Nguyễn Chí Linh và Phó Tổng Thư ký Giuse Võ Đức Minh đã viết thư đại diện cho Hội đồng Giám mục Việt Nam chúc mừng.[52]

Trong lễ tiếp đón tân Tổng giám mục phó Phêrô Nguyễn Văn Nhơn tại Tổng giáo phận Hà Nội ngày 7 tháng 5 năm 2010, giám mục Nguyễn Chí Linh đã có phát biểu về những vấn đề căng thẳng tại Tổng giáo phận này:"Không thể phủ nhận được rằng việc bổ nhiệm này đã gây ra một số tranh cãi trong những ngày vừa qua. Có người bi quan cho đó là sai lầm của Tòa Thánh Vatican, là dấu hiệu của một Hội đồng Giám mục Việt Nam đang bị phân hóa, bị khuynh loát, thậm chí là một trang sử buồn cho Giáo hội Việt Nam và cách riêng, cho Tổng giáo phận Hà Nội."[53][54] Phát biểu của giám mục Linh là lần đầu tiên trong lịch sử Giáo hội công giáo Việt Nam người ta được nghe một vị giám mục lên tiếng xác nhận một sự thật có liên quan đến quyết định của Tòa Thánh Vatican.[33] Nhắc đến sự ra đi của Tổng giám mục Giuse Ngô Quang Kiệt một tuần sau đó, với cương vị Phó Chủ tịch Hội đồng, Nguyễn Chí Linh xác nhận lý do từ nhiệm và hồi hưu của Tổng giám mục Kiệt hoàn toàn là vì lý do sức khỏe.[55][56]

Nhân dịp sự kiện bế mạc kỳ họp Thường niên II năm 2010, đài Chân Lý Á Châu đã có buổi phỏng vấn với giám mục Nguyễn Chí Linh, xung quanh vấn đề thiết lập Uỷ ban mới là Uỷ ban Công lý và Hòa bình, trực thuộc Hội đồng Giám mục Việt Nam. Được phỏng vấn về vấn đề Uỷ ban Công lý và Hòa Bình có phải giải quyết, hỗ trợ giáo dân khi có những mâu thuẫn với chính quyền, Giám mục Nguyễn Chí Linh cho rằng khái niệm công lý - hòa bình của dư luận khác khái niệm của giáo hội. Vị phó chủ tịch Hội đồng Giám mục Việt Nam cho biết cách hiểu của Giáo hội Công giáo là công lý đồng nghĩa với tình thương, con người tôn trọng quyền lợi và sở thích của nhau. Giám mục Linh cho rằng nguyện vọng Hội đồng Giám mục lên tiếng bảo vệ quyền lợi cho giáo dân là chính đáng nhưng Hội đồng có sứ mạng toàn diện và không đơn giải với bài toán vừa cần "công lý hòa bình", vừa cần "hiện hữu giữa lòng xã hội". Được phóng viên nêu câu hỏi với nội dung giáo dân cho rằng phương thức im lặng của Hội đồng Giám mục là không hiệu quả, không biết dấn thân, Giám mục Nguyễn Chí Linh cho rằng mọi người có quan điểm riêng và hội đồng không cần làm theo dư luận mong đợi. Ông cho rằng giáo dân Việt Nam đa số sống đạo bình thường và không đòi hỏi Hội đồng Giám mục phải làm theo ý kiến của họ. Ông cho rằng cần cân, đong, đo, đếm để cân bằng dư luận và truyền thông.[57]

Trong cuộc phỏng vấn ngắn tháng 4 năm 2011, khi bàn luận về vai trò của Tân Đại diện Không thường trú Tòa Thánh Leopoldo Girelli, giám mục Nguyễn Chí Linh cho biết rằng Việt Nam cũng chưa biết về quy chế ngoại giao đối chức danh “Đại diện không thường trú” của Tòa thánh Vatican. Ông cũng khẳng định rằng bản thân mình lần đầu tiên nghe về chức vụ này và cũng băn khoăn về quyền hạn, mối quan hệ với giáo hội và nhà nước Việt Nam của vị này.[58] Tù nhân chính trị Lê Văn Sơn bị bắt năm 2011 và đưa ra xét xử vì cáo trạng "âm mưu lật đổ chính quyền" năm 2013. Lê Văn Sơn là một trong nhóm 14 thanh niên Công giáo và Tin Lành bị xét xử.[59] Nói về khoảng thời gian bị bắt, Sơn cho biết giám mục Nguyễn Chí Linh tìm mọi cách lên tiếng giúp anh và bạn bè.[14]

Giám mục Linh cùng các linh mục, tu sĩ giáo phận Thanh Hóa chào đón các giám mục Việt Nam đến giáo phận để tham dự kỳ họp thứ II năm 2012 của Hội đồng Giám mục Việt Nam tháng 10 năm 2012.[60] Trong nhiệm kỳ kéo dài từ năm 2013 đến năm 2016, Nguyễn Chí Linh đảm trách vai trò Chủ tịch Ủy ban Mục vụ Di dân thuộc Hội đồng Giám mục Việt Nam.[20] Đầu năm 2015, từ ngày 12 đến ngày 14 tháng 1, ông tham gia hội nghị của Uỷ ban Mục vụ Di dân với đề tài Mục vụ Di dân trong bối cảnh Tân Phúc âm hóa tại Tòa giám mục Thanh Hóa.[61]

Tháng 12 năm 2014, Nguyễn Chí Linh phát động phong trào Ngày tình thương Giáng sinh tại Giáo phận Thanh Hóa trong những lời nhắc nhở mục vụ dành cho các linh mục. Ngày 17 tháng 12, ông cùng đoàn các linh mục đã đến thăm và chúc mừng Giáng sinh, đồng thời trao quà cho những hoàn cảnh khó khăn không phân biệt tôn giáo.[62] Tháng 1 năm 2015, Nguyễn Chí Linh tham gia Hội nghị của Uỷ ban Mục vụ Di dân do ông làm chủ tịch với chủ đề “Mục vụ Di dân trong bối cảnh Tân Phúc Âm hóa. Trong khuôn khổ hội nghị, giám mục Linh làm rõ thực trạng di dân tại Việt Nam nói riêng cũng như thế giới nói chung và khái quát thực trạng Uỷ ban Mục vụ Di dân, hướng dẫn đường hướng hoạt động cho ủy ban này những năm tiếp theo.[63]

Đoàn giáo phận Thanh Hóa do giám mục Nguyễn Chí Linh dẫn đầu đã đến thăm nhiều địa điểm của Giáo phận Thái Bình vào tháng 10 năm 2015. Nhân dịp này, đoàn cũng đến thăm nguyên giám mục Thái Bình Phanxicô Xaviê Nguyễn Văn Sang.[64]

Nguyễn Chí Linh tổ chức Tuần lễ Di dân vào đầu năm 2016. Trong tuần lễ này, các hoạt động như cầu nguyện nhóm, chầu Thánh Thể, chia sẻ chuyên đề, thăm viếng các giáo xứ có nhiều di dân sẽ được tổ chức.[65] Tháng 2 cùng năm, ông cắt băng khánh thành Trung tâm Tình thương Têrêxa Caculta nhằm mục đích nuôi dưỡng trẻ mồ côi và khuyết tật. Đây là nỗ lực của giám mục Linh, Caritas Giáo phận Thanh Hóa và đông đảo mạnh thường quân hỗ trợ.[66]

Giữa tháng 6 năm 2016, Nguyễn Chí Linh cùng các linh mục giáo phận Thanh Hóa đến Đan viện Châu Sơn để đồng tế dịp lễ kỷ niệm 25 năm linh mục của nguyên Tổng giám mục Hà Nội Giuse Ngô Quang Kiệt.[67] Tháng 10 năm 2016, ông được bầu chọn làm Chủ tịch Hội đồng Giám mục Việt Nam.[20] Ngày 26 tháng 10 cùng năm, ông cùng các thành viên Ban thường vụ Hội đồng Giám mục và một số giám mục khác đã đến thăm một số giáo dân Giáo phận Vinh nhằm mục đích hỗ trợ người dân là nạn nhân bão lũ.[68]